自然科学部門は、物理・化学・生物・地学の各分野のプレゼンテーションおよびポスター発表で精査された各県の代表が、2日間にわたり日頃の研究成果を発表します。また、3日目には希望コースに沿った琵琶湖周辺でのフィールドワークを行うことで、共通分野の研究を志す者同士の交流を深めるとともに、自然科学に対する見識を深めます。